Pięć lat po zawieszeniu butów na kołku wrócił do futbolu. Został trenerem juniorów starszych w Wiśle Kraków. To nie było jego jedyne zajęcie. W PZPN pracował jako edukator, a także współuczestniczył w projektach Akademii Młodych Orłów i Ośrodku Szkolenia Sportowego Młodzieży. W 2018 roku dołączył do sztabu trenerskiego Wisły Kraków, gdzie przez ponad dwa lata był asystentem pierwszego szkoleniowca. Od sierpnia 2020 r. rozpoczął współpracę z Polskim Związkiem Piłki Nożnej. Najpierw był asystentem Macieja Stolarczyka w reprezentacji Polski do lat 17, a potem pełnił tę samą funkcję, ale w kadrze do lat 21. W czerwcu 2022 roku obaj panowie przenieśli się na Podlasie, aby objąć stery w Jagiellonii Białystok. Z „Jagą” rozstał się w kwietniu 2023 r. (po zwolnieniu Stolarczyka). Trzy miesiące później został wybrany szkoleniowcem rezerw krakowskiej Wisły. Gdy z pierwszą drużyną Białej Gwiazdy pożegnał się trener Radosław Sobolewski, Jop tymczasowo prowadził zespół. Potem był asystentem Alberta Rudé, a później Kazimierza Moskala. 24 września 2024 roku został pierwszym trenerem Wisły Kraków. Pod jego wodzą Biała Gwiazda powróciła do ekstraklasy po ponad 4 latach gry na jej zapleczu. Drużyna z Reymonta awans wywalczyła w sezonie 2025/26, kończąc rozgrywki Betclic 1. Ligi na 1. miejscu.