Z objęciem funkcji selekcjonera przez Janusza Wójcika wszyscy wiązali ogromne nadzieje. To w końcu właśnie „Wójt” doprowadził reprezentację olimpijską do srebrnego medalu na igrzyskach w Barcelonie. Teraz miał „zrobić” wynik z najważniejszą drużyną w kraju.
Kadrę powierzono Wójcikowi 23 lipca 1997 roku. Nowy szkoleniowiec postanowił postawić na sprawdzonych, dobrze sobie znanych piłkarzy. W debiucie jego zespół wygrał w towarzyskim meczu z Węgrami 1:0 na stadionie Wojska Polskiego w Warszawie. „Wójt” dokończył nieudane eliminacje MŚ 1998, które Polska rozpoczęła pod wodzą Antoniego Piechniczka (po jego rezygnacji reprezentację w meczu z Gruzją poprowadził tymczasowo Krzysztof Pawlak).
Janusz Wójcik i trójka wiernych żołnierzy trenera z igrzysk olimpijskich w Barcelonie w 1992 roku – Aleksander Kłak, Jerzy Brzęczek i Tomasz Wałdoch. Na towarzyskie spotkanie z Węgrami we wrześniu 1997 roku – pierwsze w roli selekcjonera reprezentacji – „Wójt” powołał wielu dobrze sobie znanych piłkarzy.
Głównym celem postawionym przed nowym selekcjonerem był awans do mistrzostw Europy – co nie udało się naszej drużynie nigdy wcześniej. Będący w kryzysie biało-czerwoni trafili do trudnej grupy z Anglią (kolejny raz z rzędu), Szwecją, Bułgarią i Luksemburgiem. Początek kwalifikacji napawał optymizmem. Polacy odnieśli dwa przekonywujące zwycięstwa po 3:0 w Burgas z Bułgarami i u siebie z Luksemburczykami. Wydawało się, że magia Wójcika działa.
Przed wyjazdowym meczem z Anglią w eliminacjach Euro 2000 Janusz Wójcik otrzymał z rąk premiera RP Jerzego Buzka czako (wysoka czapa wojskowa). Szef rządu życzył selekcjonerowi, aby jego piłkarze zagrali na Wembley z ułańską fantazją.
Otrzeźwienie przyszło pod koniec marca 1999 roku i dwóch porażkach z Anglikami i Szwedami. Jednak kolejne dwie wygrane potyczki z Bułgarią i Luksemburgiem oraz remis u siebie z Anglią spowodowały, że na kolejkę przed końcem zmagań w grupie 5. Polska miała jeszcze szanse na udział w barażach o Euro 2000. Wystarczyło zremisować ze Szwecją. Tam jednak biało-czerwoni zawiedli oczekiwania kibiców. Skończyło się wyjazdową porażką 0:2. Okazało się, że magia trenera Wójcika przestała działać.
Trener Janusz Wójcik był dla piłkarzy jak ojciec. Czasem dobrotliwy, innym razem surowy. Zawsze jednak miał posłuch u zawodników. Niepokornych potrafił szybko ustawić do pionu.
Bez wątpienia ówczesny selekcjoner był niezwykle barwną postacią. Przez jednych kochany, przez drugich znienawidzony. Potrafił zjednać sobie piłkarzy, którzy gotowi byli pójść za nim w ogień. Był dla nich niczym ojciec. Ale nie taki, który da sobie wejść na głowę. Gdy było trzeba, potrafił w ostrych słowach obsztorcować delikwenta – nawet największą gwiazdę drużyny. Wielu zawodników po latach dobrze wspominało współpracę z Wójcikiem. Jak nikt inny potrafił zmotywować piłkarzy – jak w finale igrzysk olimpijskich. Działacze PZPN-u zatrudniając „Wójta” w roli selekcjonera pierwszej reprezentacji liczyli, że będzie on w stanie wykrzesać coś z pokolenia graczy, którzy sięgnęli w Barcelonie po srebrny medal. Takie nazwiska, jak Andrzej Juskowiak, Wojciech Kowalczyk, Jerzy Brzęczek, Tomasz Łapiński czy Tomasz Wałdoch, miały stanowić o sile drużyny narodowej.
Niestety, słynne powiedzenie Wójcika: „Kiełbasy do góry i golimy frajerów” tym razem nie zadziałało. Faworytów grupy 5., czyli Anglików i Szwedów, nasi nie potrafili „ogolić”. Wielki motywator nie zdołał tym razem wydobyć ze swoich podopiecznych niemałych przecież umiejętności i po raz pierwszy w historii awansować do mistrzostw Europy. „Wójt” odszedł po przegranych eliminacjach. Jego późniejsza kariera nie była usłana różami. Jako trener pracował jeszcze bez większych sukcesów w kilku klubach w Polsce oraz cypryjskim Anorthosisie Famagusta. Krótko prowadził także reprezentację Syrii oraz drużynę Al-Nahda z Omanu.
W 2005 roku został posłem na Sejm V kadencji (z ramienia Samoobrony RP). W roli polityka nie wytrwał długo. W przedterminowych wyborach 2 lata później nie znalazł już uznania w oczach wyborców.
Janusz Wójcik w prokuraturze we Wrocławiu. W 2008 roku były trener został zatrzymany ws. korupcji w polskiej piłce nożnej.
W październiku 2008 roku rozpoczął się najmniej ciekawy okres w życiu Wójcika. Były selekcjoner został zatrzymany przez policję w związku z aferą korupcyjną w polskim futbolu. Sprawa dotyczyła ustawiania spotkań Świtu Nowy Dwór Mazowiecki w 2004 roku. Sąd we Wrocławiu zastosował wobec niego poręczenie majątkowe. W związku z zaistniałą sytuacją, w 2012 roku Komisja Dyscyplinarna PZPN nałożyła na Wójcika 4-letnią dyskwalifikację, a w październiku 2014 sąd skazał go na 2 lata więzienia (w zawieszeniu na 5 lat, na karę grzywny oraz zakaz pracy w roli trenera na okres 2 lat). Szkoleniowiec, który święcił triumfy na igrzyskach w Barcelonie, zmarł 20 listopada 2017 roku – dwa dni po 64. urodzinach.